Ako vypočítať skóre LOD?
Na interpretáciu skóre LOD sa skóre LOD vyššie ako 3,0 považuje za dôkaz prepojenia.
LOD skóre, alebo logaritmus o kurzy skóre, je štatistické testovanie použité pre genetické väzbové analýzy. Skóre LOD porovnáva pravdepodobnosť získania testovacích údajov, ak sú dva lokusy prepojené, s pravdepodobnosťou získania testovacích údajov, ak tieto dva lokusy nie sú prepojené.
- 1Pri výpočte skóre LOD existujú dva prípady. Najčastejšie je to vtedy, keď máte malý počet potomkov. V takom prípade použite metódu uvedenú pod nadpisom „Keď je veľkosť potomstva malá“. V prípade, že je vaša veľkosť potomstva malá a máte pocit, že počet rekombinantov a nerekombinantov presne predstavuje genetickú vzdialenosť medzi týmito dvoma génmi (čo je v ľudskej genetike zriedkavé), použite metódu pod nadpisom „Keď je veľkosť potomstva veľká“.
Metóda 1 z 2: keď je veľkosť potomstva malá
- 1Predpokladajte určitú genetickú vzdialenosť medzi týmito dvoma génmi (medzi 0 a 0 a 50 cm). Predpokladajme, že genetickú vzdialenosť (r) beriete ako 0,1.
- 2Predpokladajme, že máte 13 osôb, z ktorých 2 sú rekombinantné. Pravdepodobnosť nerekombinácií bude 1-r = 1-0,1 = 0,9
- 3Pretože chcete sledovať každý genotyp, vydelíte ho 2: (1-r)/2 = 0,45. Pravdepodobnosť rekombinantov bude r/2 = 0,0,5 = 0,05
- Pravdepodobnosť údajov, ak sú tieto dva gény prepojené, je ((r/2)^R)*((((1-r)/2)^NR), kde R = # rekombinantov a NR = # nerekombinantov. Takže pravdepodobnosť údajov, ak sú tieto dva gény prepojené, je ((0,05)^2)*((0,45)^11)
- Pravdepodobnosť údajov, ak sú dva gény neprepojené, je (0,25)^(R+NR) = (0,25)^13
- Teraz log šancí = (pravdepodobnosť dát, ak sú dva gény prepojené)/(pravdepodobnosť dát, ak sú dva gény nesúvisiace). Záznam kurzov = ((((0,05)^2)*((0,45)^11)) / ((0,25)^13) = 25,7
- Skóre LOD bude log10 (25,7) = 1,41.
- 4Tento postup opakujte pre r ako 0, 0,01, 0,03,0,05, 0,3 a 0,5.
- Správna odpoveď je najvyššia hodnota skóre LOD, ktorú získate. Genetická vzdialenosť, ktorú ste predpokladali, je pravdepodobne blízka skutočnej vzdialenosti medzi dvoma záujmovými génmi.
Väčší počet dátových bodov zvýši skóre LOD, ak existuje prepojenie na analýzu.
Metóda 2 z 2: keď je veľkosť potomstva veľká
- 1Vytvorte rodokmeň pre dve zaujímavé miesta. Čím viac údajov zhromaždíte, tým lepšie.
- 2Určte počet rekombinantných a nerekombinantných. Predpokladajme napríklad, že alely A1 a B1 jeden lokus 1 pochádzajú od jedného rodiča a A2 a B2 na lokuse 2 pochádzajú od druhého rodiča. Potomstvo, ktoré dedí A1B1 alebo A2B2, nie je rekombinantné, zatiaľ čo potomstvo, ktoré dedí A1B2 alebo A2B1, je rekombinantné.
- 3Vypočítajte pravdepodobnosť získania výsledkov za predpokladu, že sú obidve lokusy prepojené. Toto je dané ((R/(R+NR))^R)*((1- (R/(R+NR)))^NR), kde R = počet rekombinantov, NR = počet nerekombinantov.
- Napríklad v systéme krvných skupín MNS sú M a S prepojené a N a s sú prepojené. Predpokladajme, že u 100 náhodných osôb má 25 haplotyp MS, 30 má haplotyp Ms, 6 má haplotyp NS a 39 má haplotyp N. Pretože M a S sú spojené a N a s sú spojené, MS a N sú nerekombinantné a Ms a NS sú rekombinantné.
- Počet rekombinantov = R = 30+ 6 = 36, zatiaľ čo počet nerekombinantných = NR = 25+ 39 = 64. Rekombinantná frekvencia je R/(R+ NR) = 36/(36+ 64) = 0, 36.
- Pravdepodobnosť získania výsledkov za predpokladu, že sú obidve lokusy prepojené, je preto ((0,36)^36)*((1- (0,36))^64) = 4,19187538*10^-29.
- 4Vypočítajte pravdepodobnosť získania výsledkov za predpokladu, že tieto dva lokusy nie sú prepojené. To je dané 0,5^(NR+R). Vo vyššie uvedenom príklade je to 0,5^(64+36) = 0,5^100 = 7,88860905 × 10^-31.
- 5Vydeľte pravdepodobnosť získania výsledkov za predpokladu, že sú obidve lokusy prepojené (od kroku 3 vyššie), podľa pravdepodobnosti získania výsledkov za predpokladu, že dva lokusy nie sú prepojené (od kroku 4 vyššie). V našom prípade sa to rovná 4,19187538*10^-21,29,888860905 × 10^-31 = 53,14.
- 6Vezmite základ 10 logaritmov vyššie uvedeného pomeru (krok 5). V tomto prípade sa to rovná log 53,14 = 1,73.
Skóre LOD alebo logaritmus skóre pravdepodobnosti je štatistický test používaný na analýzu genetických väzieb.
- Na interpretáciu skóre LOD sa skóre LOD vyššie ako 3,0 považuje za dôkaz prepojenia. Skóre LOD +3 naznačuje pravdepodobnosť 1000 až 1, že pozorované spojenie sa nevyskytlo náhodou. Na druhej strane, skóre LOD menšie ako -2,0 sa považuje za dôkaz vylučujúci prepojenie. V prípade uvedenom vyššie s LOD skóre +1,73 je väzba navrhnutá, ale nie je potvrdená. Vyšší počet dátových bodov zvýši skóre LOD, ak existuje prepojenie na analýzu.
- Kalkulačka
Prečítajte si tiež: Ako vykonať bakteriálnu chromozomálnu extrakciu?
